“文化大革命”期间，由于林彪、“四人帮”的破坏，党的知识分子政策遭到严重践踏，广大知识分子受到打击和压制。周总理从党和人民的利益出发，在可能的条件下和范围内，努力减少和纠正“文革”的错误，同“四人帮”进行了坚决、顽强的斗争，尽自己的可能保护了一批又一批在“文革”中受到冲击的知识分子。

　　“立法”保护文化人

　　红卫兵运动兴起后，不仅党、政、军各级领导干部，而且各界爱国民主人士和广大知识分子，大都受到恣意的侮辱、打骂、抄家、揪斗，违法乱纪事件层出不穷，惊世骇俗。针对这种动乱局面，为约束和制止红卫兵、造反派违法乱纪行径，周恩来主持制定了一些“文革”中相关的统战政策和知识分子政策等。

　　1966年8月上旬，中共八届十一中全会在讨论制定《关于无产阶级文化大革命》的决定（简称《十六条》）的过程中，周恩来和陶铸商议后，删掉了原稿中“黑帮”、“黑线”一类用词，加写了一些限制性政策条文，如严格区分两类不同性质的矛盾；要文斗，不要武斗；保护科技人员等等。这些意见都被吸收进《十六条》。

　　为贯彻落实《十六条》中的各项限制性政策，周恩来嘱请李富春与李先念、谭震林、薄一波、余秋里、姚依林拟定《国务院八个口（外交、文教、科学三个口除外）机关“文化大革命”的十条意见》。《十条意见》强调：要加强对“文革”运动的领导；既要放手让群众敢于革命，又要让群众学会善于革命，善于掌握党的政策，等等。8月23日，周恩来在审定《十条意见》时在一旁批注：“这十条意见同样适用于外事、文教、科学三口。”

　　为向红卫兵进行政策教育，周恩来指示中共北京新市委成立北京市大中学校红卫兵联络总站。8月26日，周恩来出席成立大会，并讲话。他说：应该成立总的联络站，各区成立分站。联络站的主要任务是：帮助和保护红卫兵，宣传、解释党的政策。

　　8月30日，周恩来召见中国科学院两个造反派的代表座谈。会上，他询问是否抄了华罗庚的家，对华罗庚曾否揪斗和体罚？他说：把大学教授的家抄了不好。不怕乱，但乱要乱出道理，要乱出规律，要符合无产阶级政策，要有政策、策略。突出政治要包含政策。针对有些代表在张劲夫发言的问题上纠缠不休，周恩来批评说：现在辩论没有个气氛，要摆事实，讲道理，不要乱扣帽子。科学院的人要有科学的态度。

　　9月1日，周恩来出席首都大中学校红卫兵代表座谈会，要求红卫兵组织起来，执行党的政策。他说：现在的红卫兵组织并不严格也不严密，会被破坏分子钻空子。在阐释党的政策时，他强调：不要影响和干扰生产部门和业务部门的正常工作；打击面不要过宽；对一般资产阶级分子，他没有搞破坏活动，就不要打倒他，不要随意搜查、抄家。在会上，周恩来还特别指出，应当尊重宋庆龄。他说：她是孙中山的夫人。她营救过我党地下工作的同志。抗日战争时期与我们合作，解放战争时期也同情我们，她和共产党的长期合作是始终如一的。到她家里贴大字报不合适，不能因为她妹妹是蒋介石的妻子就要打倒她，这是不对的。我们无论如何要劝阻。

　　为进一步对红卫兵进行党的政策教育，周恩来于9月2日起草《有关红卫兵的几点意见》（未定稿）强调：红卫兵要大学解放军；要“学习和掌握政策”，“分清敌我友，团结大多数”；“党的统一战线政策，在社会主义革命的现阶段中，仍然是需要的、正确的”；“对于在国家和统一战线中具有合法地位的民主人士和对于有贡献的科学家和科学技术人员，只要没有发现现行反革命活动，应该加以保护”；“要文斗，不要武斗，不要动手打人”；红卫兵搜捕人，必须与中共北京市委、北京卫戍区和公安部门商定；等等。

　　为了从总体上研究制定“文革”中相关的各项政策，9月14日，周恩来主持中央碰头会。会议商定：最近要抓紧研究文化大革命中有关经济政策和社会政策问题。当天，陶铸根据中央碰头会精神，起草了《关于抓紧研究文化大革命中有关社会政策问题的通知》，报周恩来审定。《通知》列出当时“文革”中急需解决的8个方面的政策问题，其中有：对地、富、反、坏、右分子的改造处理对策；对民主党派、民族资产阶级、工商联及其代表人物的政策；对待自然科学家和其他高级知识分子的政策；对华侨、宗教、外事、民族的政策；等等。周恩来对《通知》作过多次修改。